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新型冠狀病毒核酸檢測方案

來源:東岱科學器材日期:2020-02-25 15:00:00瀏覽次數(shù):

    2019年底在湖北省武漢市爆發(fā)的新型冠狀病毒被列為乙類傳染病,具有高傳染性,按照國家規(guī)定,需采用甲類傳染病的預防,控制措施。

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    那么,怎樣在“金標準”核酸檢測方法下做好病毒檢測工作呢?

    根據(jù)目前研究已知,該病毒基因組大小約為30kb,具有ORF1a/b非結構蛋白編碼區(qū);結構蛋白E(Envelop),M(膜蛋白),N(核衣殼),S(表面蛋白)編碼區(qū);輔助蛋白orf 3, 6, 7a, 7b, 8和9b編碼區(qū)。因此,檢測的探針引物設計必須保證準確性和特異性。羅氏的TIB檢測試劑盒在設計時,參照已發(fā)表的病毒基因組序列設計了三組探針引物,分別是E基因,RdRP基因(位于ORF1ab)和N基因。其中E基因保守性強,用于初步篩查;RdRP基因特異性強,用于COVID-19(WHO最新命名)的檢測;N基因特異性較強,用于復檢防止漏檢,也可檢測類SARS病毒。整體設計比較嚴謹合理,符合當下的檢測需要。

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    當拿到檢測試劑盒后,又要怎樣開展實驗呢?下面是一個簡易的流程圖:

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    首先,樣本采集。樣本類型主要分為呼吸道樣本,血液樣本和糞便樣本。

    呼吸道樣本:

    1. 上呼吸道標本:包括咽拭子、鼻拭子,鼻咽或口咽抽吸物或洗液等。

    2. 下呼吸道標本:支氣管肺泡灌洗液、呼吸道抽取物、痰液和肺組織活檢標本。

注意: 拭子標本只能用帶有鋁桿或塑料桿的人造合成拭子頭(例如聚酯纖維或滌綸)收集。不允許使用木桿的海藻酸鈣或棉質的拭子頭。

    血液樣本:

    盡量采集發(fā)病后7天的急性期抗凝血。采集量5 ml, 以空腹為佳,建議使用含有EDTA抗凝劑的真空采血管血液。

    糞便樣本:

    出現(xiàn)腹瀉癥狀的患者需采集糞便標本(肛門拭子)。

   (同時,要注意的是,標本采集后在4℃最多保存72小時;如果不能及時檢測,則將標本在-70 ℃或以下保存;提取的核酸應在-70℃或以下保存。)

    再次,是樣本前處理。

    根據(jù)國家衛(wèi)健委的建議,要經過56℃,30分鐘的滅活處理;或者按照WHO的方案,可加入含有(硫氰酸胍,異硫氰酸胍)胍鹽的裂解液,高溫孵育, 60℃ 60 min。為了最大程度上保證實驗人員的安全,推薦使用羅氏提供的MagNA Pure 96 External lysis buffer(含胍鹽)進行外部裂解與滅活。

    然后,進入到核酸提取階段,分為手工提取法和全自動核酸提取。

    核酸提取是整個實驗流程中比較關鍵的步驟,若提取效果不佳,會影響到后續(xù)的實驗和結果分析。

    手工提取可以采用市售各品牌手提試劑盒,也可以選擇羅氏的High Pure Viral RNA Isolation Kit手提試劑盒,該試劑盒采用的是柱式提取法,效果比較穩(wěn)定。

    全自動核酸提取會越來越多應用在臨檢部門,特別是針對這種突發(fā)情況,可以做到在短時間大批量(1個小時96個樣品)的開展核酸提取工作。我們推薦的病毒核酸自動提取方案如下:

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(其中設備下的提取Protocol全部經過驗證,可以滿足此次疫情的核酸提取需要。)

    接下來,得到滿足檢測要求的核酸后,就可以開展定量PCR實驗檢測樣本了。根據(jù)不同實驗室的要求,對樣本的布板可以采取以下形式:

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注意:1. NTC至少1個;PC一個;陽性質控品開蓋前離心,防止污染。

      2. 室間質評:NC三個隨機放置;LPC 一個

(北京市開展新型冠狀病毒(2019-nCoV)核酸檢測質量控制的工作方案(試行第一版)

 

    在熒光定量PCR儀上的設置按如下程序進行:

    反轉錄,55℃,5min——預變性,95℃,5min——擴增,95℃,5s;60℃,15s,采集信號;72℃,15s(45Cycler)——冷卻,40℃,30s。

可適用于羅氏品牌下的LightCycler 480 I,LightCycler 480 II,LightCycler 96和Cobas Z480等機型上。

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   結果的判讀,遵循綜合判定法,即:

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   最后為實驗后的消毒處理,所有操作臺面用75%酒精或其他消毒液噴灑消毒,所有個人防護用品經高壓滅菌后處理,放入三層醫(yī)療廢物袋中集中處理。(可參考北京協(xié)和醫(yī)院發(fā)布的個人防護方案和檢測后處理方案。)

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